Neptün'ün öyküsünün benzeri Pluto'nun keşfinde de tekrarlanmıştır. 1930 yılında bulunan cisme yeraltı dünyası tanrısının adı, Pluto verilmiştir. Ay'dan biraz daha büyüktür.
Pluto en büyük yörünge eğimine ve en basık yörüngeye sahip gezegendir. Yörünge çok basık olduğundan bazen Neptün yörüngesinin içine kadar girer. 1979 yılında Neptün'ün yörüngesini kesti ve 1999 yılına kadar Güneş'e Neptün'den daha yakın bir durumda kaldı. Bu özellikler açısından bazı gökbilimciler tarafından gezegen olarak gözönüne alınmamaktadır.
1978 yılında bir uydusu (Charon) olduğu keşfedilmiştir. Bu uydusunun boyutları gezegenin yarı büyüklüğündedir. Bu uydunun da çok ince bir atmosferi vardır.
Bazı astronomlar Pluto-Charon çiftinin, eskiden Neptün'ün uyduları olduğunu ve bir çarpışma sonucu ondan ayrıldığını ileri sürmektedirler. Bu olay kanıtlanmış değildir.