Amasya Genelgesi’nde, Sivas’ta millî bir kongrenin yapılacağı bildirilmişti. Mustafa Kemal yanında Temsil Heyeti’nden de bazı üyeler olduğu hâlde 2 Eylül’de Sivas’a geldi. Kongre, 38 delege ile 4 Eylül 1919 günü Mekteb-i Sultanî binasında açıldı. Yapılan oylama sonucu Mustafa Kemal Paşa, kongre başkanlığına seçildi. Açılış konuşmasında Mondros Mütarekesi sonrası ülkenin içinde bulunduğu durumu ve muhtemel tehlikeleri dile getiren Mustafa Kemal Paşa, vatanın ve milletin bölünmez bütünlüğü üzerinde durdu. Çünkü bazı aydınlarda bile ümitsizlik hakim olmaya başlamıştı. Hatta bu yüzden manda meselesi kongrenin en önemli tartışma konusu haline gelmişti. İleride Ankara Hükûmeti’nin ve Milli Mücadele’nin önemli isimleri arasında yer alacak bazı şahsiyetler bile bu günlerde “ehven-i şer” olarak Amerikan mandasına taraftar görünmüşlerdi. Kongre üyeleri arasında uzun süre tartışılan manda konusu hakkında Mustafa Kemal’in düşüncesi ise açık ve kesin idi. Erzurum Kongresi’nde de dile getirildiği üzere, manda asla kabul edilemezdi.
Uzun tartışmalardan sonra, Mustafa Kemal Paşa, gerektiğinde Kongre üyeleriyle tek tek görüşerek, istiklalin başkasına emanet edilemeyeceğini anlattı ve delegeleri ikna etmeyi başardı. Sonuçta Sivas Kongresi manda rejimini reddetti.
Bu Kongre’de Erzurum Kongresi’nde alınan kararlar olduğu gibi kabul edilerek genelleştirilmiş oldu. Buna göre; Mütareke’nin imzalandığı tarihteki sınırlarımız savunuluyor, Mebusân Meclisi’nin bir an önce toplanarak millî irade yönünde çalışması isteniyor, Temsil Heyeti’nin genişletilerek, bütün ülkeyi temsil etmesi amaçlanıyordu. Ayrıca kongre kararları gereğince, Müdafaa-i Hukuk Cemiyetleri, “Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyetleri” adıyla tek bir çatıda toplanıyordu. Kongre “İrade-i Milliye” adıyla bir de gazete çıkardı.
Sivas Kongresi, her şeyden önce katılan delegeler ve bütün ülkeyi kapsayan kararlarıyla, millî bir nitelik taşımaktadır. Amasya Tamimi ve Erzurum Kongresi’nde alınan kararlar burada genişletilmiş ve Millî Mücadele’nin programı niteliğinde olan “Misak-ı Millî” ana hatlarıyla burada şekillenmiştir. Millî Mücadele’nin amaç ve hedeflerinin ortaya konduğu Kongre’de, millî iradeye sıkça yapılan atıflar, “İrade-i Milliye” adlı gazetenin çıkarılması, Temsil Heyeti’nin genişletilmesi uygulamaları, Türk Demokrasi tarihinde önemli bir gelişmeyi de ifade etmektedir.