Erzurum Müdafaa-i Hukuk-ı Milliye Cemiyeti Mustafa Kemal Paşa’yı “Heyet-i Faale” Başkanlığı’na getirdi. Bu durum Mustafa Kemal Paşa’yı çok duygulandırdı. Çünkü bu cemiyet O’nu bağrına basan belki de ilk sivil kuruluş idi. Bundan sonra, Kongre’ye katılma problemi yaşandı. Cevat Dursunoğlu ve Kâzım (Yurdalan) Beyler merkez delegeliğinden istifa ederek yerlerini Mustafa Kemal Paşa ve Rauf (Orbay) Bey’e bıraktılar.
Bazı muhalif çabalara rağmen Kongre, Mustafa Kemal Paşa’yı başkan seçti. 23 Temmuz günü bir okul binasında toplanan Kongre, çalışmalarını 7 Ağustos’ta tamamladı ve çok önemli kararlar aldı. Bu kararlar, ülkenin her tarafına ve İstanbul’daki işgal kuvvetlerine gönderildi. Alınan temel kararlar özetle şöyle idi;
1. Mevcut sınırları ile vatan bir bütündür, hiçbir sebep ve bahane ile birbirinden ayrılamaz.
2. Vatan bütünlüğünün, millî istiklalin, hilafet ve saltanatın korunması için Kuva-yı milliyeyi âmil, millî iradeyi hakim kılmak esastır.
3. Hristiyan unsurlara millî birlik ve beraberliğimizi ve sosyal dengemizi bozacak ayrıcalıklar verilemez. Ancak kazanılmış haklara da saygı duyulacaktır.
4. İtilaf Devletleri’nin, 30 Ekim 1918’de imzalanan mütareke tarihindeki sınırlarımız içinde kalan toprakları bölmeye çalışmalarına karşı çıkılacaktır.
5. Memleketimize karşı işgal emeli beslemeyen herhangi bir devletin fenni, sınai ve ekonomik yardımı memnuniyetle karşılanacaktır.
6. Milletlerin kendi kaderini tayin ettiği bu tarihi devirde, merkezî hükûmetin de millî iradeye tabi olması zaruridir. Hükûmet, derhal Meclis-i Mebusanı toplayarak hükûmet işlerinin meclisin denetimine alınmasına çalışılacaktır.
Kongrece, alınan kararların son maddesi gereğince ayrıca bir temsil heyeti oluşturulmuş ve başkanlığına da Mustafa Kemal Paşa seçilmişti.
Kongre, amacı ve toplanış şekli mahallî olmakla birlikte aldığı kararlar açısından millî özellik taşımaktaydı. Alınan kararlar, İstiklal Mücadelesinin amacı ve yönteminin ana hatlarıyla ortaya konduğu ve özellikle Misak-ı Millî’nin şekillendiği bir programı ifade ediyordu. Bunun da ötesinde, metin içinde zaman ve şartların gereği olarak “saltanat ve hilafet” kavramları geçmekle birlikte, metnin bütününe bakıldığında millî iradenin hakim olacağı yeni bir yönetim ve geleceğin arzu edildiği açıkça görülmektedir.