Havza’dan sonra Mustafa Kemal Paşa 12 Haziran’da, 18 arkadaşıyla birlikte Amasya’ya geldi ve çalışmalarına burada devam etti. Bu sıralarda toplanmakta olan Balıkesir ve Erzurum Kongrelerinin mahallî özellik taşımasından dolayı bütün milleti içine alacak millî bir kongrenin toplanmasını gerekli gören Mustafa Kemal, 21-22 Haziran gecesi bir genelge hazırladı.
Yanında bulunan Ali Fuad, Refet ve Rauf Beylerle birlikte karargâh heyetinin de imzaladığı ve Erzurum’da bulunan Kâzım Karabekir ve Konya’da Mersinli Cemal Paşa’nın da telgrafla onayladığı genelge, 22 Haziran günü askerî ve sivil makamlara gönderildi. Amasya Genelgesi şu esasları taşıyor idi;
1. Vatanın ve milletin istiklali tehlikededir.
2. İstanbul Hükûmeti üzerine aldığı sorumluluğun gereklerini gereği gibi yerine getirememektedir, bu durum milletimizi yok olmuş göstermektedir.
3. Milletin istiklalini yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır.
4. Milletin içinde bulunduğu durum ve şartlara göre harekete geçmek ve haklarını yüksek sesle cihana duyurmak için her türlü etki ve denetimden uzak millî bir kurulun varlığı zarurîdir.
5. Anadolu’nun her bakımdan en güvenli yeri olan Sivas’ta millî bir kongrenin acele toplanması kararlaştırılmıştır.
6. Bunun için bütün illerin her sancağından milletin güvenini kazanmış üç temsilcinin mümkün olduğu kadar çabuk yetişmek üzere yola çıkarılması gerekmektedir.
7. Her ihtimale karşı bu meselenin millî bir sır hâlinde tutulması ve temsilcilerin lüzum görülen yerlerde seyahatlerini kendilerini tanıtmadan yapmaları lazımdır.
8. Doğu illeri adına 10 Temmuz’da Erzurum’da bir kongre toplanacaktır. Bu tarihe kadar diğer illerin temsilcileri de Sivas’a gelebilirlerse Erzurum Kongresi üyeleri de Sivas Kongresi’ne katılmak üzere hareket edecektir.
Türk İstiklal Savaşı’nın ve inkılap tarihinin çok önemli bir belgesi sayılan Amasya Genelgesi’nde, İstiklal Savaşı’nın gerekçeleri ve yöntemi ortaya konmuştur. “Milletin istiklalini yine milletin azim ve kararının kurtaracağı”, “millî heyet”, “millî bir kongre”den bahsedilmesi, Türk tarihinde ilk defa millî iradeye yani demokrasiye dayalı yeni bir yapılanmanın ve gelişmelerin habercisi olarak da karşımıza çıkıyor. Bu bakımdan, söz konusu belge, Millî Mücadele tarihinin önemli bir belgesi olmakla birlikte Türk Demokrasi Tarihi açısından da ayrı bir değer taşımaktadır.
Tabii ki bu genelge İstanbul Hükûmeti’ni, oldukça rahatsız etmişti. Mustafa Kemal Paşa yetkilerini aştığı düşüncesi ile İstanbul’a geri çağırıldı. Mustafa Kemal ve kadrosu bu sırada toplanacak Kongre için Erzurum’a gelmiş bulunuyorlardı. 7-8 Temmuz gecesi Saray tarafından makine başında resmî görevinden azledilmesi üzerine Mustafa Kemal Paşa askerlikten de istifasını bildirdi. Mustafa Kemal Paşa aslında üzgündü. Çünkü başlamış olduğu mücadele yarıda kalabilir miydi? Acaba komutanlar ve arkadaşları kendisinden ayrılabilirler mi idi? Nitekim karargâhının Kurmay başkanı Kâzım (Dirik) Bey, koltuğu altındaki dosya ile odaya girerek “Paşam, askerlikten istifa ettiğinize göre, bundan sonra benim göreve devam etme imkânım kalmadı evrakı kime teslim etmemi emir buyurursunuz” diyerek ilk örneğini vermişti. Ama bu örnek iki olmadı. Aksine, arkadaşları ona bağlılıklarını ortaya koydular. 15. Kolordu Komutanı Kâzım Karabekir Paşa, Mustafa Kemal Paşa’yı ziyarete geldi. Hazır ol durumunda selam verdikten sonra “Kolordum ve ben emrinizdeyim Paşam” diyerek yüksek bir karakter örneği sergiledi.
Mustafa Kemal Paşa, üniformasından ve resmî görevinden ayrılmış milletin bir ferdi olarak mücadeleye devam edecekti. Bu sırada Erzurum Kongresi’nin hazırlıkları devam ediyordu.