Bizans ordusu Kapadokya’ya ulaştığında toplanan harp meclisi nasıl bir strateji uygulanması gerektiği konusunu tartıştı. Bazıları Selçuklu ordusunu iç bölgelere çekerek ve iaşe imkânlarını yok ederek hırpalamayı önerdiler. Diğerleri ise değil Erzurum’da durmayı, İran’a varıp tüm İslâm ülkelerini istilâ etmeyi, yani hucümu öneriyorlardı. İkinci görüşe uyan Diogenes, yoluna devamla Erzurum’a geldi. Ordusundan 10.000 kişilik bir birliği, doğuda güvenliği sağlamak ve ordusuna erzak sağlamak üzere Abhazya’ya gönderdi. 30.000 kişilik bir kuvveti ise Türk asıllı Tarkhaniotes ve Frank Russel komutasında, yolların emniyetini sağlamaları için Ahlat’a sevk etti. Alp Arslan’ın da tam Ahlât’a ulaştığı sırada, Selçuklu öncü birlikleri, Sanduk Bey idaresinde Bizans kuvvetlerini baskına uğrattılar. Dağılan askerler Malatya bölgesine kaçarlarken İmparator, Ermeni Basil idaresinde yeni bir kıta asker yolladı. Basil, esas Selçuklu ordusunun henüz gelmediğini ve Bizans öncü birliklerini dağıtan kuvvetlerin Ahlat garnizonu askerleri olduğunu zannediyordu. İmparatoru da bu şekilde bilgilendiren Basil’in askerleri ölü veya esir olarak imha olduğundan geriye haber getirecek bir kişi bile kurtulamadı.
Bu arada Diogenes, zayıf bir müfreze tarafından korunmakta olan Malazgirt’i alarak, bağışlama sözü vermesine rağmen, müdafileri ve halktan kaçamayanları katletti. Sultan Alp Arslan da bu sırada, yanında yukarıda sayılan kumandanlar olduğu hâlde Malazgirt’e doğru ilerlemekte idi. Selçuklu ordusunun aniden gelişi karşısında şaşkınlığa düşen Bizans ordusu, yürüyüşünü durdurup Malazgirt’e 10 km. kadar mesafede, Rahva ovasında ordugâhını kurdu. Ancak karargâhını İmparator’dan önce hâkim tepelere kuran Alp Arslan, 24 Ağustos günü ilerleyerek düşmanın bir fersah yakınına geldi. Sultan yine de, kuvvet azlığı dolayısıyla bir meydan savaşına girmek konusunda tereddütlü idi. Bu yüzden bir yandan da düşman hakkında bilgi toplamak ve İmparator’a barış önermek üzere bir elçilik heyeti gönderdi.
Abbâsî halifesinin sultana gönderdiği İbn Mühellebân ve Savtekin’den oluşan heyet, Sultan’ın sulh teklifini Diogenes’e ilettiler. İmparator öncü birliklerinin hezimete uğramasına ve ordusundaki itaâtsizlik emarelerine rağmen, sayısal üstünlüğün verdiği gururla, teklifi çok kaba bir şekilde geri çevirdi. Selçuklu ordusu hakkında kendisine verilen yanıltıcı bilgilerin de etkisiyle, barışın Rey’de yapılacağını, kendilerinin İsfahân’da, hayvanlarının ise Hemedan’da kışlayacağını söyleyerek meydan okudu. Diogenes ayrıca bu seferin, Bizans bakımından o güne kadarki Türk akınları ile yakın ilişkisini ortaya koyan, kesin sonuç almaya yönelik bir intikam seferi olduğunu anlatan şu cümleleri sarf ediyordu: “Rum (Roma) ülkesine yapılanları, aynıyla İslâm ülkelerine yapmadıkça dönmeyeceğim. Bu sefer için muazzam paralar sarf ettim. Nasıl dönerim?”
İmparator’un cevabı, mensup oldukları dine ve millete hizmet için, idealleri uğrunda yalnızca kazanmaya odaklanmış, Selçuklu ordusu üzerinde olumsuz bir etki yapmadı. Abbâsî Halifesi de, bu harbin İslâm Dünyası için arzettiği ehemmiyet dolayısıyla, hazırlattığı bir dua metnini bütün İslâm ülkelerine göndererek Alp Arslan’ın ordusu için Allah’a yakarılmasını istedi.
İmamının tavsiyesiyle savaşı müslümanlar için özel bir gün olan Cuma’ya bırakan Alp Arslan, ordusunun maneviyatını yükseltecek tedbirler de alıyor, bu savaşın bir kader savaşı olduğunun bilinci ile Cuma namazından sonra ordusuna şöyle hitap ediyordu: “Burada Allah’tan başka sultan yoktur. Emir ve kader onun elindedir. Bu sebeple benimle birlikte savaşmak veya ayrılıp gitmek konusunda serbestsiniz.” Askerleri hiçbir şekilde ayrılmayacaklarını beyan ederken üzerine beyaz bir elbise giyen Sultan, eski Türk âdetine göre atının kuyruğunu bağladı. Göğüs göğüse harp edeceğinin işareti olarak, ok ve yayını atıp, kılıç ve topuzunu aldı. “Ey askerlerim! Eğer şehit olursam bu beyaz elbise kefenim olsun. O zaman ruhum göklere yükselecektir. Melikşah’ı yerime tahta çıkarınız ve ona bağlı kalınız. Zaferi kazanırsak önümüzde çok hayırlı günler olacaktır” sözleriyle artık savaşa hazır olduğunu gösteriyordu (Turan 2010, Köymen 1972).
Gece boyunca Türk askerlerinin boru, davul ve tekbir sesleri ile uykusuz bırakılan Bizans ordusunda da, ertesi gün kendi adetlerince benzer törenler, ayinler yapıldı. Nihayet 26 Ağustos 1071 Cuma günü, öğle namazından sonra iki ordu harp düzeni aldı. Bizans ordusunun merkezinde İmparator bulunuyor, sağ kanada Nikephoros Bryennios, sol kanada Aleates, artçı kuvvetlere ise Andronikos Dukas kumanda ediyordu.
Sultan Alp Arslan ise ordusunu iki ana bölüme ayırmış bulunuyordu. Tarank adlı kumandanın emrine verilen ve daha kalabalık olan ikinci kısım, dörde ayrılarak önceden savaş alanının yanlarındaki tepelere pusuya yatırılmıştı. Bunların bir bölümü Bizans ordusunun gerisini tutacak ve keşif yapacak; diğerleri ise sırası geldiğinde düşmanı kuşatıp ok yağmuruna tutacaklardı. Sultan Alp Arslan komutasındaki birinci kısım ise, Diogenes’in karşısında yerini aldı. Savaş Murat suyunun bir kolu üzerinde, Malazgirt önündeki Rahva ovasında cereyan ediyordu. Selçuklu askerlerinin ok yağmuruna tutarak tahrik etmesi üzerine, Bisans ordusu çan sesleri eşliğinde harekete geçti. Bizans ordusu, kendilerine oranla çok az olan bu kuvvetleri ezmek hevesiyle hücuma kalktı. Selçuklu birlikleri taktik gereği, yenilmiş gibi yaparak ve sağa sola dağılarak geri çekilmeye başladılar. Bu takip sırasında pusularından çıkan Türk askerleri düşmanın sağ kanadını bozguna uğrattılar. Bu sırada Peçenek ve Uz askerleri de daha önce sözleştikleri gibi Selçuklu saflarına geçtiler. Bizans ordusunda bulunan bu gayrı müslim Türkler’in, Selçuklu ordusu çevresinde keşif yaparlarken, aynı dili konuştuklarını duyunca, savaş sırasında taraf değiştirmek için anlaştıkları rivayet edilir.
İmparator ordusunun sağ kanadının bozulması üzerine, sol kanadı yardıma çağırdı. Ancak onlar da Bizans ordusunun arkasına sarkan Türk askerlerince kuşatılıp yenilgiye uğratıldıkları için yardıma gelmeleri mümkün olamadı. Ermeni kuvvetleriyse zaten savaş başladığında firar etmişlerdi.
Muharebeyi büyük bir ustalıkla yöneten Alp Arslan sahte ricat, turan taktiği veya kurt oyunu denilen Türk savaş taktiğini uygulayarak kuvvet azlığının zaafa dönüşmesine engel oldu. Diogenes nihayet, Türk birliklerini takip ederken pusuya düştüğünü anlayıp geri çekilmeye karar verdi. Fakat daha savaşın sonucu belli olmadan, artçı kuvvetler komutanı Andronikos, İmparator’un bozguna uğradığını ilan edip kaçtı. Bununla birlikte kuşatmanın tam ortasında kalan Diogenes, esir düşene kadar kılıcıyla kahramanca savaştı. Nihayet elinden yaralanan ve atı vurulunca yere düşen Diogenes esir edildi.
Böylece akşama kadar süren muharebede Bizans ordusunun büyük kısmı imha edildi. Başta İmparator olmak üzere, pek çok kişi de esir düştü. Selçuklu ordusunun elde ettiği ganimetin haddi hesabı yoktu. Bu benzeri az görülmüş fevkelâde, inanılması zor bir olaydı. Diogenes, Sultan’ın huzuruna zincire vurulmuş ve boynuna esaret nişanesi olan lale takılmış olarak çıkarıldı. Diğer esirlerin ona gösterdiği saygı ve İbn Mühelleban’ın şahitliği ile teşhis edildi.
Selçuklu sultanı, İmparator’u barış teklifini reddetmesi yüzünden tenkit etmenin dışında, ona kötü muamelede bulunmadı. Hattâ onu “Üzülmeyiniz İmparator! İnsanların maceraları böyledir” sözleri ile teselli etti. Diogenes’e hilat, kaftan ve külah giydirildi. Üzerinde kelime-i şehadet bulunan bir sancak hediye edildi, bir anlaşmaya varıldı.
Buna göre Bizans imparatoru şu hususları yerine getirmeyi taahhüd ediyordu.
• İmparator serbest bırakılması karşılığında 1,5 milyon dinar fidye verecek
• Bizans Devleti yıllık 360.000 dinar vergi ödeyecek
• Selçuklu Sultan’ı talep ederse, İmparator askerî yardımda bulunacak
• Tahtını muhafaza edebildiği takdirde, önceden müslümanların elinde olan Antakya, Urfa, Malazgirt ve Ahlât’ı Selçuklular’a terk edecek
• Bizans ülkesindeki tüm müslüman esirler serbest bırakılacaktı.
Bu anlaşmadan çıkan en önemli sonuç, Bizans İmparatorluğu’nun Selçuklu Devleti’ne bağlı duruma gelmiş olmasıdır. Nitekim vergi ve askeri yardım mükellefiyeti yanında imparatora hilat giydirilmiş olması bunun açık delilleridir. Tarihçilerden anlaşmanın şartlarını zaferin büyüklüğü ile uygun bulmayanlar olduğu gibi, bu vesile ile Alp Arslan’ın yüce gönüllülüğünü öne çıkaranlar da vardır. Bir hafta kadar misafir edilen Diogenes, nihayet 200 kişilik bir Türk müfrezesi eşliğinde, 10.000 dinar da yol harçlığı verilerek, İstanbul’a gitmek üzere uğurlandı.
Bununla birlikte her iki hükümdar da, bu anlaşmanın uygulanabilmesinin İmparator’un hayatta kalmasına bağlı olduğunu, Diogenes’in İstanbul’a dönemeden tahtı kaybedebileceği öngörmüşlerdi. Nitekim Diogenes daha Sivas’a vardığında tahtının Mihail VII. Dukas tarafından ele geçirildiğini öğrendi. Yine de Alp Arslan’ın yardımına da güvenerek mücadeleye devam etti. Ancak yenilgiye uğradı. Manastıra kapanmaya söz verdi ise de, Mihail Dukas onun gözlerine mil çektirerek acılar içerisinde ölümüne sebep oldu.
Öte yandan İslâm âleminde büyük sevince yol açan Malazgirt Zaferi, her tarafa fetihnâmeler gönderilerek duyuruldu. Halife el-Kaim Biemrillah 12 Eylül günü Bağdad’a ulaşan fetihnâmeyi devlet erkânının huzurunda merasimle okuttu. Halife, Alp Arslan’a bu vesile ile bir tebrik mesajı gönderdi. Bağdad’da, halkın da coşkuyla katıldığı şenlikler yapıldı. Hatırlanacağı gibi, Türkler Yakındoğu’ya girdiklerinde İslâm Dünyası’nın karşı karşıya olduğu en büyük dış tehlike, atağa kalkmış olan Bizans İmparatorluğu idi. Selçuklular tarafından ilerleyişi durdurulan Bizans’ın, bu kararlı ve son büyük girişiminin de boşa çıkması Müslümanlar’a geniş bir nefes aldırmıştı.
Diogenes’in tahtı kaybetmesi üzerine, Bizans ile yapılmış olan anlaşma hükümsüz kaldı. Alp Arslan bunun üzerine, dostu imparatorun intikamını da bahane ederek, komutanlarına Anadolu’nun fethini emretti. Bu anlaşmanın yürürlükte kalması durumunda bile, Bizans topraklarına yapılan Türkmen akınlarının önünü kesileceğini iddia etmek mümkün değildir. Zira Oğuzlar/Türkmenler, bir yurt bulmak mecburiyeti ile Dandânakân savaşından beri, Selçuklu Devleti’nin politikaları çerçevesinde Anadolu’ya akınlar yapmakta idiler. Öyle ki daha Malazgirt Savaşı’dan önce Sakarya havzasına kadar ulaşmışlardı. Ancak Bizans’ın henüz Türkler’e karşı koyacak ve onları takip edebilecek kuvveti bulunmaktaydı. Bu yüzden Türkmenler, Bizans taarruza geçince gidebildikleri yere kadar geri çekilmeye mecbur kalıyorlardı. Oysa Malazgirt yenilgisinden sonra Bizans, neredeyse yüz yıl boyunca bir daha bu büyüklükte bir ordu toplayamayacak ağır bir darbe yedi. Başka bir deyişle, bu zaferle Bizans’ın askerî gücü kırılınca Türkler, bundan böyle güvenli bir şekilde Anadolu’ya yerleşmek imkânı bulmuşlardır. Malazgirt Zaferi bu bakımdan Anadolu’nun yurt tutulması bahsinde tam anlamıyla bir dönüm noktası olmuştur. Nitekim çok kısa bir süre içerisinde Doğu Anadolu bölgesinde Saltuklular, Mengücikler, Danişmendliler gibi beylikler kuruldu. 1075 yılında Süleymanşah’ın İznik’i fethiyle kurulan Türkiye Selçuklu Devleti ve Küçük Asya Anadolu’nun vatan haline gelmesi de şüphesiz bu zaferin eseridirler.