İlk üç Haçlı seferinde Antakya, Kudüs, Akka, Urfa gibi önemli kentler ele geçirilmişti. Ancak Haçlı egemenliği uzun sürmedi. Kayıpların büyüklüğü ve başarılarının geçiciliği kutsal toprakları kurtaran Haçlı romantizmini yok etti. Papa III. Innocentius’un dönemindeki 4. Haçlı seferinin (1202) rotasını Constantinopolis’e çevirerek işgal etmesi (1203), Bizans İmparatorluğu’nda Latin Dönemi’ni başlattı. Başkent Latinlerce istila edildi. Kent ve çevresinde bir Latin devleti kuruldu. Venedikliler ve Fransızlar Flandre kontu Baudouin’e Ayasofya’da taç giydirdi. Haçlılar, halka büyük zulümlerle işkence ettiler. Şehri yakıp yıktılar ve yağmaladılar. Bizans yazarları Müslümanların bile Bizanslılara sözde din kardeşleri kadar eziyet etmediğini yazar.
Bizans idaresi Nikaia’da 57 yıllık bir sürgüne gitti. İmparatorluk parçalandı. Komnenos hanedanı Trabzon’da bir prenslik kurdu. Angelos hanedanı kuzeybatı Yunanistan (Epiros)’da bir despotluk kurdu. Bu Sefer, 7. yüzyıldan itibaren Arap fetihleri yüzünden Doğu dünyasından kopmuş olan Batı Avrupalılara burada ticarî üsler edinme şansı verdi. Bizans hanedanı ve idaresi, Selçuklu Türklerinden geri alınan Nikaia’ya kaçtı. Papa, Ortodoks Greklerle Slavlara elçi gönderdiyse de başarılı olamadı. Ortodoks ve Katolik kiliseleri birleştirilemedi. Haçlı işgali Doğu ve Batı arasındaki politik ve dinî ayrılığı derinleştirmişti. Haçlı seferlerinden sonra 14. yüzyılda Bizans’taki ayrıcalıklı sınıfın iktidarı ve zenginliği halkın tepkisine ve sosyal kargaşaya yol açtı. Ekonomi bozulmaya devam etti. Zayıflayan imparatorluk hızla dağıldı. 7. yüzyılda Suriye ve Mısır’ın Araplara kaybından etkilenmeyen devlet 11. yüzyılda Anadolu’yu Selçuklulara kaybedince derinden sarsıldı. Ağustos 1261’de Mihail Palaiologos (1261-1282), Konstantinopolis’i ele geçirdi. Törenle şehre girerek patrik Arsenios’un elinden taç giydi. Oğlu Andronikos’u ortak imparator ilan etti ve Palaiologos hanedanını kurdu.