Ülkemizde devletin üstlendiği temel kamu hizmetleri bakanlık örgütlenmesiyle yürütülmektedir. Bakanlıkların kurulması, kaldırılması, mevcut bakanlıkların bölünmesi veya birleştirilmesi, bakanlıkların görevleri, yetkileri ve teşkilatı kanunla düzenlenir. Her bakanlık belirli bir kamu hizmetini/hizmetlerini yerine getirmekle görevlendirilmiş ve yetkili kılınmıştır.
2011 yılında yayınlanan çeşitli KHK'ler ile bazılarının birleştirilmesi, ayrılması ya da yeni birimlerin ilave edilmesi, bir kısmının ise yeniden ihdas edilmesi suretiyle çeşitli bakanlıklar ortaya çıkmıştır. Daha önceleri Devlet Bakanları eliyle yönetilen kurumların önemli bir kısmı, hizmet bakanlığı biçiminde örgütlenmiştir, Çoğu kurum ve kuruluş, bir hizmet bakanlığına dönüştürüldüğü için, devlet bakanlığı statüsü de ortadan kaldırılmıştır. Yeni kurulan veya ismi değiştirilen bakanlıklar; Aile ve Sosyal Politikalar Bakanlığı, Avrupa Birliği Bakanlığı, Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı, Çevre ve Şehircilik Bakanlığı, Ekonomi Bakanlığı, Gençlik ve Spor Bakanlığı, Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Gümrük ve Ticaret Bakanlığı, Kalkınma Bakanlığı, Orman ve Su İşleri Bakanlığı, Ulaştırma, Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığıdır.
Başbakana yardım etmek ve Başbakan tarafından verilecek görevleri yerine getirmek, Bakanlar Kurulunda koordinasyonu sağlamak, özel önem ve öncelik taşıyan konularda tecrübe ve bilgilerinden istifade edilmek amacıyla Başbakanın teklifi ve Cumhurbaşkanının onayı ile Başbakan Yardımcısı unvanıyla görev yapmak ve sayısı beşi geçmemek üzere bakan görevlendirilebilir. Başbakanlık bünyesinde, bağlı, ilgili ve ilişkili statüdeki kuruluşların bir kısmı Başbakan, diğerleri ise Başbakan Yardımcıları tarafından yönetilmektedir.
Her bakanlığın başında bir bakan bulunur. Bakan, bakanlık kuruluşunun en üst amiridir. Bakanlar, bakanlık hizmetlerini mevzuata, Hükümetin genel siyasetine, milli güvenlik siyasetine, kalkınma planlarına ve yıllık programlara uygun olarak yürütmekle ve bakanlığın faaliyet alanına giren konularda diğer bakanlıklarla işbirliği ve koordinasyonu sağlamakla görevlidir ve Başbakana karşı sorumludur.
Her bakan, ayrıca emri altındakilerin faaliyet ve işlemlerinden de sorumlu olup bakanlık merkez, taşra ve yurt dışı teşkilatı ile bağlı ve ilgili kuruluşların faaliyetlerini, işlemlerini ve hesaplarını denetlemekle görevli ve yetkilidir.
03.06.2011 tarihinde, bakanlıklarda, bakan yardımcılığı adıyla bir statü ihdas edilmiştir. Buna göre, Bakana (Millî Savunma Bakanı dâhil) bağlı olarak Bakana ve Bakanlığa verilen görevlerin yerine getirilmesinde Bakana yardımcı olmak üzere Bakan Yardımcısı atanabilir. Bakan Yardımcıları bu görevlerin yerine getirilmesinden Bakana karşı sorumludur.
Bakan Yardımcıları Hükümetin görev süresiyle sınırlı olarak görev yapar; Hükümetin görevi sona erdiğinde, Bakan Yardımcılarının görevi de sona erer. Bakan Yardımcıları gerektiğinde Hükümetin görev süresi dolmadan da görevden alınabilir.
Bakanların parlamentoya karşı siyasal sorumlulukları vardır. Bakanların siyasal sorumluluğu parlamenter sistemin temel kurallarındandır. Bakanlar yalnız kendi eylem ve işlemlerinden değil, emri altında çalışanların eylem ve işlemlerinden de TBMM'ye karşı sorumludurlar. Siyasal sorumluluğun yaptırımı cezai veya hukuki değil, sadece siyasaldır. Siyasal sorumluluğu ortaya çıkaracak anayasal yöntem güvenoyu mekanizmasıdır (Özbudun, 2005:323-324).
Bakanların cezai sorumluluğu, görevleriyle ilgili suçlarından dolayı Yüce Divan olarak Anayasa Mahkemesinde yargılanmasıdır. Cezai sorumluluk meclis soruşturması yoluyla ortaya çıkar. Meclis soruşturması sonucunda bir bakanın Yüce Divana gönderilebilmesi TBMM kararıyla olur.
Bakanlık Merkez Örgütü
Bakanlıkların kuruluş ve görevleri 3046 sayılı Bakanlıkların Kuruluş ve Görev Esasları Hakkında Kanun'la düzenlenmiştir. Buna göre bakanlıklar, merkez örgütü, taşra ve yurt dışı örgütü ile bağlı ve ilgili kuruluşlardan oluşur.
Bakanlık merkez örgütünde bakanlığın sorumlu olduğu hizmetlerin yürütülmesini sağlamak üzere ana hizmet birimleri, danışma ve denetim birimleri ile yardımcı birimler bulunur.
Her bakanlığın bakandan sonra en üst yöneticisi müsteşardır. 3046 sayılı Kanun'da, "Müsteşar, bakanın emrinde ve onun yardımcısı olup bakanlık hizmetlerini bakan adına ve bakanın direktif ve emirleri yönünde, bakanlığın amaç ve politikalarına, kalkınma planlarına ve yıllık programlara, mevzuat hükümlerine uygun olarak düzenler ve yürütür. Bu amaçla bakanlık teftiş kurulu hariç bakanlık kuruluşlarına gereken emirleri verir ve bunların uygulanmasını gözetir ve sağlar" denilmiştir (Md.22). Müsteşar belirtilen hizmetlerin yürütülmesinden bakana karşı sorumludur.
Bakanlıklarda "bağlı", "ilgili" ve "ilişkili" statüde kuruluşlar da bulunmaktadır, Söz konusu kuruluşlar, bakanlıkların organizasyon yapısında ayrı ayrı belirtilir.
Bağlı kuruluşlar, bakanlığın hizmet ve görev alanına giren ana hizmetleri yürütmek üzere, bakanlığa bağlı olarak özel kanunla kurulan kuruluşlardır. Örneğin, Emniyet Genel Müdürlüğü, İçişleri Bakanlığına bağlı bir kuruluştur. Bağlı kuruluşlar, merkez teşkilatı ile ihtiyaca göre kurulan taşra teşkilatından meydana gelecek şekilde düzenlenir.
İlgili kuruluşlar, özel kanun ya da statü ile kurulan, İktisadi Devlet Teşekkülleri (İDT) ve Kamu İktisadi Kuruluşları (KİK) ile bunların müessese, ortaklık ve iştirakleri veya özel hukuki, mali ve idari statüye tabi, hizmet bakımından yerinden yönetim kuruluşları şeklinde düzenlenmektedir. Bu kuruluşların Meclisle ve hükümetle ilişkileri, ilgili bakan tarafından yürütülür.
Yönetim sistemimize son zamanlarda giren Düzenleyici ve Denetleyici Kurumların bir bakanlıkla irtibatı, teorik olarak "ilişkili kuruluş" kavramıyla ifade edilmesi gerekirken, bazılarının kanunlarında açıkça "ilgili" kuruluş olarak yazılması nedeniyle bir karmaşa yaşanmaktadır.