Ötüken bölgesindeki Uygurlar, bir taraftan Köktürk harfleriyle yazıtlar dikerek Köktürklerdeki geleneği sürdürürken, diğer taraftan Soğutlarla geliştirdikleri siyasi ve ticari ilişkiler sonucunda Budizm’e ve Maniheizm’e yöneliyorlardı. Dinî ilişki, yazının da değiştirilmesi sonucunu doğurdu ve Soğut yazı sistemi geliştirilerek Uygur alfabesi oluşturuldu. Uygur yazı sistemi, Köktürk alfabesi gibi taş ve kayalara kazınarak da kullanıldı.
Budist, Manici ve Hristiyanlığa ait metinler, mektuplar, hukuk belgeleri, yarlıklar (fermanlar), astronomi ile ilgili metinler, takvim ve tıp metinleri, Türk halk edebiyatı metinleri gibi çeşitli alanlara ait eserlerin yazıya geçirilmesinde kullanılan Uygur alfabesi, köken olarak Soğut alfabesinden türemiş olsa da kullanım alanları ve süresi dikkate alındığında bir Türk alfabesi kimliğini kazanmıştır.
Uygur alfabesi; Hitaylar, Moğollar, Mançular, Kalmuklar, Buryatlar gibi halkların alfabelerine de kaynaklık etmiştir.
Moğol İmparatorluğu, sadece Uygur yazısını benimsemekle kalmamış, devlet kademesindeki danışmanlar hep Uygurlardan oluşmuş ve komşu devletlerle haberleşmede Uygur Türkçesi kullanılmıştır.
Uygur alfabesi, Fatih ve II. Bayezit devirlerinde Osmanlı sarayında da bilinen ve kullanılan bir yazı sistemidir. Fatih’in, Uzun Hasan’a yolladığı iki mektup bu alfabeyle yazılmıştır.
Özellikle 11-15. yüzyıllarda Çağatay, Altınordu ve Kıpçak sahalarına ait bazı eserlerin Uygur harfleriyle yazılmış olması, bu alfabenin kullanılma süresinin uzunluğunu ve kullanılma alanının genişliğini gösterir.
Türklerin İslam dinini kabul etmelerinin hemen ardından Uygur alfabesi terk edilip Arap harflerine ani bir geçiş yaşanmamış, uzun süre bu iki alfabe yan yana kullanılmıştır. Hatta bu alfabenin, 13. yüzyıldan sonra bir süre çok yaygın olarak kullanıldığı da anlaşılmaktadır.
Kısaca Uygur alfabesi, 8-17. yüzyıllar arasında Doğu Türkistan, Harezm, Altın ordu bölgelerinden İstanbul’a kadar uzanan geniş bir coğrafyada kullanılmıştır. Esasen toplam 18 harften oluşan bu alfabe de Türkçenin yazımı için son derece yetersizdir. Ancak uzun bir süre büyük bir kültür birikiminin taşıyıcısı olması ona hatırı sayılır bir önem ve değer yüklemiştir.